Негізгі міндеттері бюджеттiң атқарылуы, бухгалтерлік есеп және қаржылық есеп беру, республикалық бюджеттің және оның құзыретіне жатқызылған жергілікті бюджеттердің орындалуы бойынша бюджеттік есеп және бюджеттік есеп беру, Қазақстан Республикасы Ұлттық қоры, сондай-ақ мемлекеттік сатып алу, республикалық меншікті басқару сферасында, сондай-ақ банкроттық сферасында (банктер мен сақтандыру (қайта сақтандыру) ұйымдарын және жинақтаушы зейнетақы қорларын қоспағанда), заңсыз жолмен алынған кірістерді заңдастыруға (ізін жасыруға) және терроризмді қаржыландыруға қарсы әрекет ету, сонымен қатар салалық саясат пен кедендік іс саласындағы саясатты қалыптастыруға және жүзеге асыруға қатысуға басшылық ету және салааралық үйлестiру болатын орталық атқарушы орган болып табылады.